Gràcies als estudis del medievalista Joan Badia i Homs podem saber que la capella de Santa Reparada de Cinclaus es va construir al segle X sobre una antiga construcció romana i conserva l’absis preromànic. Probablement també hi havia un altar en época del bisbat d’Empúries però el què sí que sembla clar és que va ser la capella del castell de Cinclaus quan hi havia un castell i que també disposava de llicència d’apostolar com a ermita. Segons Benjamí Bofarull i Miquel D. Piñero, un cop es basteix el castell va passar a presidir-ne la plaça. De ben segur que el fet que servís de capella del castell va posar en perill la seva existència en el decurs dels diversos conflictes bèl·lics que van esdevenir en aquestes terres entre els segles XIV i XVII.

La primera noticia de què disposem ens explica que aquesta capella l’any 1389 estava dedicada a Sant Joan Baptista i a Santa Eugènia. Aquesta capella fou destruïda al segle XV durant la guerra civil catalana, durant la guerra contra Joan II, amb l’atac al Castell d’Empúries per part de l’exèrcit del duc de Lorena. El que podem saber segur és què la nau de la capella fou reconstruïda entre els segles XVI i XVIII i que l’antic absis d’època preromànica restà dempeus amb el seu arc triomfal.

El 1703 es va reedificar per part de la familia Sastre i es canvia la seva advocació per la de Santa Reparada, noms associats amb les aigües i la protecció contra naufragis, a l’estar l’enclau de Cinclaus històricament envoltat d’aiguamolls i proper a Empúries. De fet Santa Reparada també és la protectora dels ofegaments. Més endavant, l’any 1729, es dóna llicència d’ermità a favor d’en Joan Burlas i el 1737 per a Domènec Ros.

La capella que avui podem veure consisteix en un temple de nau rectangular amb una capçalera lleugerament trapezoidal, que té una llargada total exterior de poc més de 10 metres, dels quals 4,26m pertanyen a la capçalera. És aquest un petit espai d’una nau amb capçalera rectangular, on en el frontis o façana de ponent hi ha una porta d’un sol arc de mig punt, adovellat. Al damunt hi ha finestra rectangular i a la part superior del mur un campanar de cadireta d’un arc amb dovelles ben tallades. L’altar que hi trobem, del segle XVIII, va reutilitzar una estela funerària feta de pissarra. També es conserva la pica baptismal feta de pedra calcària. El cor, fet de fusta de melis, és d’estil renaixentista.

A aquesta capella se li reconeixen reformes renaixentistes a la façana mentre que cal valorar com la capçalera ha pogut conservar la volta de ferradura preromànica. Resseguint el què ens explica Joan Badia i Homs, la nau és molt més tardana que l’absis, perquè probablement la capella de Santa Reparada tingui un origen paleocristià, almenys l’actual absis, de fet seria contemporània d’altres capelles i esglesioles que trobem al voltant d’Empúries. Badia i Homs considera que aquest petit temple correspon a l’etapa més reculada de les edificacions preromàniques empordaneses, ja que especialmente en el seu absis s’hi aprecia una manera de fer anterior a l’any 1000. L’aparell de blocs petits de pedra dels murs de l’absis, lligats amb morter dur i molt abundant, de manera que el morter es tant visible com els mateixos blocs, correspon a un sistema de construcción anterior al segle XX.

Cal destacar el fet que en la façana hi ha vestigis gairebé esborrats de diferents inscripcions de difícil interpretació degut a l’erosió de l’emblanquinat.

La capella de Santa Reparada disposa d’un gran recorregut històric perquè s’hi observen tres moments de construcció. D’una banda l’absis està més enlairat que la resta de la nau, posterior a la nau inicial preromànica amb una cronología del segle X o XI. Més endavant s’ampliaria al segle XIV amb la construcció del castell i quan aquest recinte es enderrocat al final de la Guerra dels Segadors com a venjança de Castella, aquest petit temple també es va veure afectat i durant segles quedà abandonat.

L’àvia de l’escriptora Caterina Albert, Caterina Ferrés i Sureda la va comprar l’any 1897 i la va fer restaurar la seva filla, Dolors Paradís i Farrés, el 1918. Víctor Català hi va organitzar, l’any 1922, la ballada del Contrapàs durant l’Aplec de Santa Reparada, el tercer diumenge de setembre.

La imatge de Santa Reparada segurament es va treure quan la capella es va tancar al culte i més endavant, el juliol del 1936, a l’inici de la Guerra Civil, el retaule i l’altar de la capella van ser cremats.

Per les fotografies anteriors a l’estiu del 1936 podem saber que el retaule que presidía la capella era renaixentista o barroc i tenia en el centre una imatge de Santa Reparada, dreta, guardada per dues imatges. El retaule estava coronat per una Mare de Déu asseguda amb el nen Jesús. A més d’aquest retaule també hi havia hagut un Sant Crist. El retaule va ser destruït però l’imatge de Santa Reparada sembla ser que es va guardar en algun lloc…

Actualment la capella és de propietat municipal després que l’Ajuntament de l’Escala aprovés per unanimitat en ple de l’any 1997 l’adquisició de l’edifici a la família Albert.

El juny del 2019 ha entrat a formar part dels Espais Víctor Català, conjuntament amb la segona planta de l’Alfolí de la Sal i del Clos del Pastor.